新港鄉南港村大崙聚落位於北港溪南岸，為清代古笨港街近郊的一大聚落，稱為「大崙庄」。
隨著笨港街的發展， 大崙庄在清朝時期人口曾達千餘人， 同治元年（1862）戴潮春之亂，大崙庄遭受兵燹波及，人口急遽減少；日治初期，只剩29戶，人口70人，以劉黃吳三姓為主。
大崙王爺廟奉祀池朱李三府千歲，根據日治期間相良吉哉「台南州祠廟名鑑」調查與廟中石香爐推測，其神像約兩百年前，由蔡姓人士從唐山迎奉來台，在道光年間，大崙庄民發起建廟奉祀，再至南鯤鯓代天府分靈迎請李、朱兩府千歲共同奉祀。
大崙王爺廟是以杉木為主體之古建築，廟中石爐及文物皆見證了王爺廟悠久歷史。日明治39年（1906）發生嘉義大地震，王爺廟遭震災圯倒，由庄民熱心募捐百餘元重建。日治時期皇民化運動期間，王爺廟被充做民眾集合所，神像藏入民家奉祀，直到戰後民國34年（1945）才重迎神像回廟。民國44年（1955）庄民發起重修神房並油漆廟貌，總工程費三萬餘元。民國48年（1959）八七水災，廟宇拜亭遭沖損，管理人劉鉗以廟產公金撥支一萬餘元，加以重修成為現在廟貌。
民國73年（1984）庄民黃裕向旅外鄉親及本庄庄民再發起募款，鋪設磨石地板及彩繪門神等，廟貌煥然一新。民國99年（2010）廟體受風雨侵襲剝蝕，管理委員會決議整修，將部分木材抽換及部分重新彩繪。王爺廟年代久遠，建築老舊維修不易，管理委員會曾幾度向王爺請示重建新廟，但王爺皆未允杯；直至民國102年（2013），管理委員會於農曆正月十七日再次向池府千歲擲筊請示，終獲三聖杯允准重建。
年初從網路得知王爺廟將被拆除之訊息，希望這座見證地方發展、極具歷史文化價值的古廟能留存下來，留給大崙子孫永恆的記憶。於是利用「新港史蹟導覽解說團」網頁，將王爺廟即將面臨被拆除的訊息傳達出去，讓關心在地文化的民眾可以得知此訊息並分享，激起網友熱烈的響應，也引起相關單位的關心，在南港社區發展協會及相關人士奔走下，管理委員會與大崙庄庄民決議將王爺廟保存下來，決定以搬遷方式完整保存，寺廟主體因以杉木及古法抹土建造，所以工程非常費時耗力。
民國102年10月26日，在全國近千位民眾共同見證下，合力拉起象徵「傳承、傳奇、傳播」麻繩，將斑駁的老廟往東南方遷移10餘公尺，這座百年王爺廟得以永久保留，繼續陪伴南港村大崙社區和庄民。