營業線更迭
崙仔線榮景維持不久，定期線營業僅約2年光景左右，1913年8月2日就變更為貨物營業線了，臺灣總督府
告示第百四十號——明治四十五年五月告示第七十八號明治製糖株式會社鐵道崙仔線運輸營業ヲ貨物運輸營業ニ變更ノ件ヲ許可セリ
大正二年八月二日 臺灣總督 伯爵佐久間左馬太

主因是此路線是所有進香鐵道中哩程最遙遠的，再者當時搭車至媽祖（舊南港，今新港鄉南港村）後有二條進香路徑，一是徒步再轉搭陸路的打北輕鐵線（民雄—北港，請參閱新港文教基金會會訊「【368 期、369 期】〈新港世紀回眸〉：打北輕鐵線（上、下）」。）輕便臺車到北港或新港媽祖廟參拜，二是選擇水路擺渡或簡易竹橋的方式到北港進香。
主因是當時北港溪橫阻，尚未有直通人車的堅固橋樑可供往來，舊南港往北港的陸橋一直要到1928年4月9日，由嘉義商會羅程修築的北港溪橋竣工後才能通行（註1）。至於官造北港大橋，則遲至1932年4月才竣工正式通行，崙仔線接駁往返相較於其他私營輕鐵並非順遂之途。
不過崙仔線辦理客運的業務，並未因變更為貨物營業線後而隨之消失。先後又於1914 年1月、1914年12月辦理臨時營業，1915年7月29日臺灣總督府還許可崙仔線蒜頭至媽祖間，於每年的12月15日至翌年4月15日間（媽祖生前後）營業，為期至1919年。因此，後續又辦理了4 次臨時營業（註2），告示第百四十七號——明治製糖株式會社鐵道崙仔線蒜頭媽祖間ニ於テ每年十二月十五日ヨリ翌年四月十五日迄運輸ノ件ヲ許可セリ其ノ哩程左ノ通
大正四年七月二十九日 臺灣總督 男爵安東 貞美

此後直到1919年5月20日總督府廢止崙仔線營業許可後，至此日治時期明治製糖會社崙仔線，就再也沒有辦理過客運業務了，告示第百五十二號——大正四年七月告示第九十一號明治製糖株式會社鐵道崙仔線蒜頭媽祖間ハ本年十二月十五日ヨリ運輸營業廢止ノ件ヲ認可セリ
大正八年十一月十一日 臺灣總督 男爵田 健治郎

然而崙仔線媽祖車站也並未就此消失無蹤，1922年「明治製糖株式會社埤圳新設工事竣功報告」，仍然清楚看出登載有關「媽祖停車場」的紀錄。此外，1924年2月發行的三十萬分一〈臺灣全圖〉（臺灣總督府警務局編製，臺灣日日新報社印刷發行），也尚有「媽祖」一地留存。

 

原料區與鐵道
明治製糖會社蒜頭工場舊南港原料區範圍，包括六斗尾、崙仔庄、蘇厝寮、舊南港、板頭厝、古民等地。故明治製糖會社除了前述申請崙仔線臨時營業使用之外，非客運營業時期也做為一般甘蔗原料專線使用，1916年5月25日崙仔線再次提出專用線展延使用，路線除原營業線蒜頭至媽祖（鄰近南港庄、崙仔庄、大崙庄交界）間外，尚依序經過埤頭庄、板頭厝庄、後庄及終點古民庄。1921年1月為慶祝明治製糖會社成立15週年，並獎勵大正4～6年度(1915～1917年) 甘蔗種植豐收，特別發下補助金四千五百圓，給台南州下嘉義郡內舊南港、大崙、板頭厝農戶，多則二百五十圓，少則有十圓，這在當時對農家而言委實是一筆不小挹注。
至於番婆原料區（安和原料區）則包括了潭仔墘庄、菜公厝庄、溪北庄、番婆庄、以及雙涵庄（六腳鄉雙涵村），因此也闢建了崙仔線溪北支線甘蔗原料專用線。1933年因應新港農場原料區需求，又從溪北支線叉出新巷分線。此外，1929年在崙仔線港尾藔西側也新增竹子腳支線。
戰後崙仔線大致維持日治時期的路線，只是略有調整，其中因應戰備需求，將崙仔線從板頭厝至蒜頭規劃為「南北線預備線」（註3）。而崙仔線幹線則從原來的終點古民，向北延伸穿越埤子頭大排水到溪底寮、南崙溪埔一帶。

 

糖業鐵道式微
原來屬於蒜頭糖廠南港原料區範圍內的板頭厝、共和、古民、南崙等契作蔗園，則因為北港糖廠產區甘蔗原料不足之故，於1974年9月改運往北港糖廠壓榨生產。為此於蒜頭糖廠崙仔線與北港糖廠嘉義線交會處（鄰近板頭厝車站附近），另設立「三角線」以供兩線運輸迴轉之用，2005年北港糖廠關閉製糖生產作業之後，板頭村、南港等地甘蔗原料，悉數運往南靖糖廠生產。
1974年後因公路運輸發達，甘蔗原料漸改以農用卡車運送，1975～1976年卡車運量已佔蒜頭糖廠整體運量近百分之三十，1980年代公路與運輸鐵路比重更來到八比二，糖業鐵道專用線式微已無可挽回，蒜頭糖廠崙仔線原料線終於在1991年停駛劃下句點。崙仔線崙陽舊車程及殘存舊鐵道，於2008年9月由六腳鄉長、鄉民代表及崙陽社區發展協會共同發起綠美化，嘉義縣政府列入「城鄉風貌發展計畫」，規劃成「崙陽村鐵道公園」。
昔日五分仔火車穿梭於蔗園間的風采已不復見，冉冉輕煙與天際交織的美麗畫面，只能徒留腦海成回憶！

 

註1：民間所私建的橋樑，結構並非十分牢固，易因豪雨沖刷坍塌毀損，以致交通中斷。另外人車通行均要收取過橋料（過路費），載貨牛車一臺收取20錢、空車15錢、人力車5錢、行人2錢。
註2：有關崙仔線臨時營業的詳細資料，敬請參考〈看橋工房，鐵道記事篇，圖解明治製糖蒜頭媽祖間營業線〉。
註3：臺灣光復後基於軍事戰備考量，國防部指示臺糖延伸或新建線路，將臺中至屏東之間各糖廠的鐵道，修築與縱貫鐵路線平行的路線，以防戰時南北交通中斷，稱之為南北平行預備線（簡稱南北線）。

參考資料：
臺灣糖業文化協會編，《台灣糖業鐵道百週年專刊》。雲林：財團法人臺灣糖業文化協會，2007年。
臺灣糖業文化協會編，《臺灣的糖業鐵道圖說集》。臺北市：武智紀念糖業會，2004 年。