笨新南港的文人，以文會友成立蘭社，在笨新南港東隘門外結立草堂集會，並奉祀五文昌君。道光二年（1822）合資建立文昌祠，並仰慕王得祿將軍高官顯赫「登步青雲」，而命名為「登雲閣」，傳承漢族的傳統文化，為了教導更多的學子，在當地的仕紳勸募之下，有錢出錢、有地出地一同的努力，於道光十五年（1835）八月完成登雲書院新建，從此奠定了新南港往後的文風基礎。
登雲書院在一些史冊上鮮少出現，只有嘉義館內採訪冊中記載新港「登雲閣」奉祀武文昌君，道光年間建立。嘉義縣政府編撰之嘉義縣志中，所述隸屬嘉義廳管內的書院只有玉峰、龍門、奎壁、振文、羅山、奎文、玉山、育英等八座書院，而登雲書院卻不在其列之中，而出現於祠廟篇中「登雲閣」，是至今許多鄉親不解之處。在探尋新港登雲書院的歷史中，不難發現他是一個相當完整的書院，但因政權的轉移而讓他的文物資料散異各地，加上一些日據時代的老照片的出現，讓新港登雲書院的存在有著更明確的證據。
在民國五十五年在文昌國小拆遷就校舍之時，發現的興建登雲書院緣金石碑一方，在這一方石碑出現，使的登雲書院有著強而有利的證據，證明登雲書院的存在，而不是只是祭祀五文昌的登雲閣而已。此碑高二一二公分、寬九四公分、厚一五公分石材為花崗岩，現立於新港鄉文昌國小（為登雲書院舊址），雕刻清晰字跡端正，前款題曰：「新建登雲書院喜捐緣金名碑」後書：「道光十五年八月立石」，由此可見確有登雲書院。《新港公學校創立沿革志》中，就寫到新港人林煌策、陳起鳳等人運用登雲書院祭祀香火之費，媽祖會田於明治三十一年（1898）建立新港公學校。前清秀才林維朝先生的《維朝遺稿》中：「新港原有登雲書院，係為新港方面各街庄合資創建，並買田產以為香火之費，設有管理人主任財政支出，其餘之銀並會獎勵學子向學」。此二者為登雲書院最好的佐證。
1906嘉義梅山大地震，震毀了登雲書院，所有神像皆攜遷至新港大興宮之後殿安放。新巷公學校編撰的新巷庄鄉土史調查中的史蹟與寺廟中，史蹟部分就有載明：「新巷在清朝時代秀才頗多，乃知名文教聖地，故建立文昌祠奉祀孔子，此座舊書院之文昌祠，亦號登雲閣。於明治三十一年學校建設擬議之際，捐獻其財產三百元為創立費。尚存之祠閣於地震中全部泯毀，所遺之牌位等移至大興宮後殿，權充安頓知所。」由此可知登雲書院之文物曾遷移至大興宮之後殿。直至民國三十八年新港奉天宮文昌殿設立後，才再由大興宮遷移至奉天宮，從此奉祀於新港奉天宮中，並於每年教師節於奉天宮舉行祭孔大典，民國四十七年設立文昌分校，更於五十二年奉准獨立，並建文昌祠樓一座，使登雲書院的優良傳統得以繼承。八十四年文昌祠（孔子廟）重建完成，新建中國傳統式校門及教室大樓落成。